S2 PAI
Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam merupakan satu-satunya Prodi tingkat Magister di Universitas Muhammadiyah Ponorogo. Magister Pendidikan Agama Islam dibuka berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Islam Nomor 1814 Tahun 2012 dan mulai melakukan penerimaan mahasiswa baru Tahun Akademik 2013/2014. Saat ini Prodi Magister PAI sudah terakreditasi B berdasarkan SK BAN PT Nomor 774/SK/BAN-PT/Akred/M/VII/2015.